多序列比对
序列比对分类有哪些？
序列比对（alignment）
用来产生伪随机序列的算法在GSM规范中称为（）算法。
准全局比对
什么是多序列全局比对的累进算法？（三个步骤）
多序列比对工具是（）。
全局比对
精确式算法一般用来求解运输调度的全局优化问题
序列比对的基本思想，是找出（）和（）的相似性，就是通过在序列中插入（）的方法使所比较的序列长度达到一致。比对的数学模型大体分为两类，分别是（）和（）。
序列两两比对
多序列比对（multiple sequence alignment）
序列比对测定的是（ ）
关于序列比对下列说法正确的是:
9、找到一类物种中的高度保守片段可以用多序列比对
下列属于全局比对算法的是( )
如果只想得到一个含有n个元素的序列中第k （k＜＜n)小元素之前的部分排序序列，最好采用什么排序方法？为什么？如有这样一个序列:{57,11,25,36,18,80.22}得到其第3个最小元索之前的部分序列{11,18,22}，使用所选择的算法实现时，要执行多少次比较？
6、分水岭算法可以解决那些由于（）而不能用全局阈值解决的问题。
1、为附件中exercise1.fasta中的5条序列创建多序列比对。多序列比对工具自选。比对结果保存后通过JalView，以Clustalx颜色方案标记。将编辑后的多序列比对保存为图片提交。注意调整图片宽度及文字大小。自己尽量多的尝试一下JalView的各种功能，参考help。 JalView下载：附件中可下载Windows版JalView安装包（不含JAVA，JAVA安装参见第二章第二部分第7节：PDB文件3D展示Jsmol_附件） 课程不支持大于50M的附件上传，如需下载自带JAVA安装的Jalview安装文件或其他版本安装文件，请前往Jalview官网下载：https://www.jalview.org/Web_Installers/install.htm
比对蛋白质序列要比比对DNA序列复杂
1、试述局部极小值、局部极小点和全局极小值、全局极小点的区别？给出两个一维搜索算法？
2、2. 用EMBL双序列比对工具（http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa）对下列两条序列作两次全局比对（Needle算法），第一次设置GAP OPEN=10，GAP EXTEND=0.5；第二次设置GAP OPEN=1，GAP EXTEND=5。其他参数默认。给出两次序列比对结果页面屏幕截图。你觉得哪一次的序列比对的结果更佳，给出你的评判标准。 ＞seq_1 VKCRLNVLLWYQDAYGEVEINDGKLYDAYVSYSDCPEDRKFVNFILKPQLERRRGYKLFL DDRDLLPRAEPSADLLVNLSRCRRLIVVLSDAFLSRAWCSHSFREGLCRLLELTRRPIFI TFEGQRRDPAHPALRLLRQHRHLVTLLLWRPGSVTPSSDFWKEVQLALPRKVQYRPVEGD PQTQLQDDKDPMLILRGRVPEGRAL ＞seq_2 MLGQCTQTWHRVRKTTQEQLKRNVRFHAFIS
12、局部比对的速度比全局比对（），应用场景更多，主流比对软件多基于（）比对算法。答案用&隔开。
